A história da vida do Seminário Interdiocesano São Gaspar, remonta ao tempo em que funcionou em Santarém, o curso de filosofia no período de 1982-1985.

Em 1982 na cidade de Santarém, nasceu o Seminário maior diocesano, com a participação dos seminaristas de Óbidos, Xingu, Marabá, Conceição do Araguaia, Cametá e franciscanos de Santarém. Havia uma coordenação de estudos. O curso acadêmico estava a cargo do instituto regional IPAR, Belém- Pará.

A experiência durou quatro anos. Surgiram algumas dificuldades na diocese de Santarém, que não possibilitaram a continuação do curso de filosofia. Desse período foram ordenados cinco presbíteros, sendo um diocesano, três franciscanos, e um religioso de marabá. O bispo D.Tiago e seu auxiliar Dom Lino, resolveram fechar o seminário.

Os outros bispos D.Martinho, bispo de Óbidos; D.Erwin de Xingu; D.Alano de Marabá; D.Patrício de Conceição do Araguaia; D.Luis de Macapá e D. Elias de Cametá) resolveram abrir em 1986, o seminário interdiocesano em Belém, com a mesma estrutura de Santarém. Vieram todos os seminaristas para Belém. Para o início dos estudos, foi alugada a casa São Gaspar pertencentes aos Padres Adoradores do Sangue de Cristo (de Xingu).

A direção do seminário: Padre Favacho (Zeca) de Cameta foi escolhido reitor do seminário, Padre Lucas Fuerst vice-reitor e orientador do aprendizagem de pastoral. Nos primeiros anos foram difíceis a nova adaptação a vida na capital, com vários seminaristas. Mesmo assim, de 1986 a 1989 (período de padre Favacho) foram ordenados vários padres.

Em janeiro de 1989, sai o Pe. Favacho após três anos no serviço de reitor, sucedeu-o o Pe.Edilberto Sena de Santarém.

Em 1989 eles concluíram um convênio com o IPAR que garantia ao conselho diretor SEMINTER (D.Patrício, D.Lino e D.Erwim) a responsabilidade pelo curso acadêmico ministrado pelo IPAR.  

Os bispos responsáveis pelo Seminário Interdiocesano, fundaram , em 1990 a Sociedade Civil São Rafael. Tendo como presidente: D.Patrício 1º presidente da sociedade, D.Elias de Cametá, D.José Vieira e D.Martinho Lammers bispo de  Óbidos. Em 1990 eles concluíram a compra da casa da Casa São Gaspar por U.S $ 310.000.00 trezentos e dez mil dólares, dos religiosos do Sangue de Cristo.

Em março de 1991, sai Pe. Edilberto e o sucedeu Pe. Afonso,vindo Alemanha e missionário na Prelazia de Óbidos.

A parceria com o IPAR se conclui com a década de 90. Este período foi  marcado por muitas dificuldades, por grande efervescência política e social que incidia também sobre o seminário, que sendo adepto da Teologia d Libertação, tendia por uma linha mais social, muitas vezes levada ao extremo.

A formação também teve seu desconforto.  De modo que alguns Bispos a partir 1999 resolveram por se desligar do São Gaspar e fazendo seu próprio seminário, também optar por uma nova linha de formação.

Ainda no ano de 1999, Pe. Afonso passou a Reitoria para seu conterrâneo e também missionário na Prelazia de Óbidos, Pe. Fernado Guttem Bee.

Também aconteceu no ano 2000, o fechamento do curso presbiteral no IPAR, restando apenas o Seminário Maior da Arquidiocese para fazer os estudos de filosofia e teologia. Um ano depois foi criado IRFP (Instituto Regional para Formação Presbiteral).

Em 2003, Pe. Fernando passa sua função de reitor do seminário a seu colega também da Prelazia de Óbidos, Pe. José Paulo.

Em 2004, o São Gaspar já só contava com as Três prelazia do Oeste do Pará (Óbidos, Itaituba e Xingu) e a Diocese de Santarém.

Em 2006 Filosofia foi transferida para o Seminário São Pio X em Santarém, ficado o são Gaspar apenas com os formandos da Teologia.

Pe. José Paulo fica na reitoria até 2007, quando assume Pe. Luiz Pinto de Santarém.

Pe. Luiz Pinto trabalhou muito bem o momento de transição no período de três anos em que coordenou o São Gaspar, fazendo uma boa transição para Pe. Walter que assumiu em 2010, com a missão de modificar todos os conceito a respeito deste seminário e implementar uma formação mais aproximada daquela que propõe a CNBB(Conferência Nacional dos Bispos do Brasil).

No momento, Pe. Walter é o Reitor do seminário e a casa conta com 09 jovens estudando Teologia.